; 也完美错过了和魏广德在江西见面的机会,说不得魏广德在他面前还得躬身听从教诲。
同年,京师三大殿遭遇火灾,潘季驯奉诏往南京搜寻大木修复宫殿,在不拆毁民居的前提下完成使命,使百姓安堵。
嘉靖三十八年,潘季驯巡按广东,施行均平里甲法,斥抑豪强,惩处贪吏,击破海盗,深受百姓爱戴。
到他离任时,当地民众遮道挽留,并在郡学为他塑像祭祀。
嘉靖四十年,改调河南道御史,提调北直隶学校,督学顺天府。
到任后,主持选拔考生,秉公办事,不徇私情,选用了不少人才,至嘉靖四十二年底,升任大理寺右寺丞。
嘉靖四十四年,潘季驯接连升任大理寺右少卿、左少卿,年底,进官都察院右佥都御史,辅佐工部尚书朱衡治黄河,从此开始治河生涯。
当时黄河泛滥,朱衡力主开新河,与潘季驯意见相左。
嘉靖四十五年初,朝廷遣工科给事中何起鸣勘河。
潘季驯仍力请恢复黄河和大运河故道未被采纳,在他的一再请求之下,才同意恢复留城以下运河旧道五十余里。
留城以上运河改道昭阳湖东岸,开南阳至留城新河一百四十余里。
在新河基本竣工后,潘季驯又疏请勘查黄河上游情况,因朱衡不同意而作罢,旋即因丁母忧而离职。
丁忧在家,潘季驯就教子读书,同年,新河工成,潘季驯进升都察院右副都御史。
直到隆庆