先伏一千精兵于新亭谷中，复在亭中摆设酒宴为刘裕接程，待将其劝醉，招引伏兵四出杀之。

商议已定，各人散归己府，分别安排去讫。

刘裕班师返回建康，因命辎重同回，故拖慢进度，至约定日期未归。

诸葛长民与百官多日在新亭守迎刘裕到来，久候不至，不得要领。

未料刘裕于途中已略闻诸葛长民预谋风声，早已自乘小船，潜入建康城中。

三月丙寅日，诸葛长民知刘裕已归建康，惊惧欲死，只得强忍着装作若无其事，以僚属旧部之礼到东府前来参拜。

刘裕命壮士丁旿暗伏帐后，于正堂接见诸葛长民。

二人见面之后，笑谈犹如平日，诸葛长民亦便放下戒备之心，畅谈玄虚之论。

刘裕闻其高论，时复大笑，忽佯作喷茶，失手碎盏。

丁旿闻摔杯之号，遂自帐后走出，用铁杖击杀诸葛长民。

刘裕命将其尸体送到廷尉，并擒吴兰、王用相等，令有司审明其罪。

廷尉鞠审明白回报，刘裕立命杀其五人族众，死者五百余口，京城内外之民无不嗟叹。

诸葛长民大弟诸葛黎民平素骁勇，因拒捕格斗而死，幼弟大司马参军诸葛幼民逃到深山，被人告抓回斩杀。

诸葛氏被诛，建康军民皆感释怀，奔走相告，不怨刘裕，反更恨其全家被诛杀太迟。

并皆相勉谓道：勿跋扈，付丁旿。

当时司马休之镇守江陵，甚得江汉民心。

其子谯王司马文思留居建康，性情凶狠残暴，喜结交江湖侠士，太尉刘裕厌之。

三月有司上报朝廷，司马文思擅自打死封国官吏。

朝廷诏杀其手下差役，独赦司马文思不究。

司马休之上疏奏请处罚，自承罪过，并求解职，朝廷不许。

刘裕遂擒司马文思送给司马休之，命其训戒惩罚，实欲令其自己杀之。

司马休之不舍，只上表请求废黜司马文思爵位，并寄书于刘裕陈说谢罪。

刘裕不悦，遂命江州刺史孟怀玉兼任督豫州六郡，用以警戒司马休之。

义熙十一年正月，更捕杀司马休之次子司马文宝，及其兄子司马文祖，亲率军讨伐荆州。

雍州刺史鲁宗